Чтобы микрокод процессор обновлялся сам при каждой загрузке вашего линукса, достаточно поставить intel-microcode или amd64-microcode (в случае Debian Wheezy и Jessie, по крайней мере).

Привет чят. Мы тут все забыли еще об одной огроменной дыре в современном железе, которую на данный момент залатать нельзя вообще никак. Это микрокод.

Сегодня про микрокод процессоров Intel неизвестно почти нихера.

Представим себе, что приезжает на очередной microcode update и:
* несколько инструкций начинают вести себя по-другому, например, начинаются протечки данных из кэшей;
* эксепшн передает управление не туда;
* отменяется проверка привилегированности некоторых инструкций.

Непаханое поле для эксплоитов из NSA

Вот тут народ что-то ковыряет и анализирует.
http://www.securiteam.com/securityreviews/5FP0M1PDFO.html
http://inertiawar.com/microcode/

Вот здесь толково изложено что из себя вообще представляет микрокод
в современных cpu:
http://security.stackexchange.com/questions/29730/processor-microcode-manipulation-to-change-opcodes;