Поскольку авторы magit не обламываются менять все хуки с каждой минорной версией, то для того, чтобы git-gutter обновлял буферы после `magit-commit' нужно сделать примерно следующее:

  (add-hook 'git-gutter:update-hooks 'magit-after-revert-hook)
  (add-hook 'git-gutter:update-hooks 'magit-not-reverted-hook)