После того, как я настроил себе Compiz во имя прозрачностей, JACK стал выдавать какие-то посторонние трески и шумы. Не знаю, с чем это могло быть связано, но факт был. Ковырял настройки, не помогло. Отчаявшись, завёл себе JACK2. Шумы сразу же исчезли, всё работает, JACK жив. Правда, видимо, от запуска при загрузке придётся отказаться - видимо, скрипт из джентувики специфичен для JACK1.