Не осилил bacula: слишком уж жирное, трудное в обращении и велосипедное это чудовище. Прочитал man tar, написал такое:

!/bin/bash

cd /var/backups/
fl=filelist
n="hostname-date +%s.tar.xz"
name="/home/l29ah/backups/$n"
tar -cJ --totals --checkpoint -T "$fl" -g "$fl-incr" | tee >(md5sum - > "$n.md5") | ssh l29ah@l29ah.blasux.ru "cat > \"$name\""

Норм? Чота у меня инкрементальные бекапы, которые должны быть пустыми, на деле содержат в себе всё дерево директорий :/