Династия Яридов правила Бадахшаном вплоть до 1873 года, и одним из её последних правителей был Джахандар-шах, который правил с 1862 по 1869 год. Столкнувшись с усилением афганской власти, он согласился платить дань афганскому эмиру, однако в 1869 году отказался от уплаты, что привело к его свержению. При поддержке Афганистана его племянник Махмуд-шах захватил власть, окончательно упразднив независимость Бадахшана и включив его в состав владений Абдур-Рахман-хана. Джахандар-шах был объявлен вне закона и вынужден искать политическое убежище у русских. В 1872 году он перебрался на русскую территорию, где ему определили местом жительства Учкурган в Ферганской долине и назначили годичное содержание в 1500 рублей. Однако русские отказались оказывать ему помощь в попытке вернуть свои владения, не желая портить дипломатические отношения с Великобританией. В 1878 году Джахандар-шах был убит. По одной версии, за его убийством стояли британские агенты, по другой — его собственные сыновья. После его свержения Бадахшаном в 1869—1873 годах от имени эмира Афганистана правил Махмуд-шах. Он утвердил свою власть при поддержке афганского Шер-Али-хана и стал последним независимым правителем Бадахшана. В 1873 году его сместил губернатор Афганского Туркестана Наиб Мухаммад Алам-хан, который назначил Хафизулла-хана губернатором Бадахшана, окончательно подчинив его афганской администрации.