Хуй знает, как оно построит с "рабочей", но быстренько на лету образ для работки ляпаю вот так:
umount root/{proc,dev,sys}
cp root/boot/initrd* debian/live/initrd
cp root/boot/vmlinuz* debian/live/vmlinuz
rm debian/live/filesystem.squashfs
mksquashfs root debian/live/filesystem.squashfs -b 1048576 -comp xz -Xbcj x86 -e boot
xorriso -as genisoimage -r -J -joliet-long -l -cache-inodes -isohybrid-mbr /usr/lib/ISOLINUX/isohdpfx.bin -partition_offset 16 -A "Debian Live Bench" -b isolinux/isolinux.bin -c isolinux/boot.cat -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table -o debian-live.iso debian
Для живого, по-идее, можно снять lvm-снапшот, смонтировать и пройтись по нему таким вот скриптецом.