Ага, в gtk выпилили нафиг системный трей и сказали пользоваться нотификациями. О том, что это может использоваться в качестве кнопки для разворачиванию приложения им не доложили: https://developer.gnome.org/gtk3/stable/GtkStatusIcon.html "GtkStatusIcon has been deprecated in 3.14. You should consider using notifications or more modern platform-specific APIs instead. GLib provides the GNotification API which works well with GtkApplication. Also see this HowDoI."