Совершенно внезапно Evince умеет вставлять в PDF комментарии. Причём, судя по дате статьи, уже минимум полтора года.
http://blogs.perl.org/users/cyocum/2011/10/annotating-pdfs-with-evince.html
А я-то мучился. PDF-Xchange под Wine гонял. Нет, он сам по себе очень хороший, особенно при том, что бесплатный, но ради одних комментариев теперь запускать не стану.