Опытным путем установлено, что повысить точность gpslogger’а невозможно. Можно только заставить странно себя вести. А вы еще спрашиваете, за что мы любим андроид.
Хотя вангую, что если убрать time before logging и позволить ему держать gpx включенным постоянно — все заработает. Но это ну его нахуй.