Разобрался с тем, почему urxvt рисует квадратики: его автор решил, что fontconfig справляется со своей задачей выбора шрифтов недостаточно хорошо, и накостылил поверх него убогий аналог, который просит у fontconfig(!) шрифты и пытается понять, какой использовать для каких символов. Эта прослойка не учитывает тот факт, что у меня может стоять prepend в fonts.conf, и берёт первый попавшийся шрифт для рисования отсутствующих в основном шрифте глифов, не проверяя, есть ли там вообще эти глифы (и не взяла ли она тот же самый шрифт, лол).