базовый цикл работы с гитом:
$ git status - посмотреть чо коммитить
$ git add - добавить файлы которые хочешь закоммитить (можно не все свои изменения коммитить)
$ git commit -m "comment" - коммит в локальный репозиторий с комментарием к коммиту
$ git push - отправить коммит в удаленный репозиторий (напр. на гитхаб)
$ git pull - всосать коммиты из удаленного репозитория (напр. с гитхаба)
на этом пункте могут быть конфликты, гит напишет в каких файлах. Файлы можно открыть прогой meld - хороший гуй для анализа диффов, и в ней исправить конфликт и закоммитить