Мохнатые уроды и моральные пёзды. Войти !bnw Сегодня Клубы

http://blog.neuinfo.org/wp-content/uploads/2011/06/celegans.jpg
Поговорим же о червях. На картинке слева нематода Caenorhabditis elegans, классический модельный организм. В зависимости от пола этот червь содержит 959 или 1031 клетку. Может есть и мутанты с другим количеством клеток.

Геном этой нематоды содержит ~100М базовых пар, что относительно немного. Тем не менее в этом геноме содержится ~20000 генов (у человека - ~40000 генов http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/genenumber.shtml , из чего следует что сложность организма зависит от размера генома и количества генов очень сложным образом).
Геном доступен например из базы данных wormbase.org, по FTP: ftp://ftp.wormbase.org/pub/wormbase/genomes
Просмотрщик генокарты есть здесь: http://www.wormbase.org/tools/genome/gbrowse/c_elegans/

Недавно была создана интересная физическая симуляция передвижения этого червя по поверхности, в модель также входили нейроны (топология нейросети C.Elegans известна http://www.openconnectomeproject.org/#!male-c-elegans/c13v6 ), но из-за отсутствия большой части информации, в т.ч. синаптических весов моделирование нервной системы червя пока что невозможно.

Видео той симуляции: https://www.youtube.com/watch?v=3uV3yTmUlgo
Исходный код на С++: https://github.com/openworm/CyberElegans
Статья: http://rghost.net/46101538

После этого был запущен проект Openworm, ставящий своей целью биологически-реалистичную симуляцию этого организма, с гораздо более совершенной физической моделью, учитывающей динамику каждой отдельной клетки а также полноценной моделью нервной системы.
http://www.openworm.org/getting_started.html#goal
К чему я это всё говорю? Хочу обратить внимание на то что в интернете в свободном доступе есть огромные массивы биологической информации - те же геномы. И это настоящие золотые горы из которых только недавно начали добывать золото.

Рекомендовали: @o01eg @kagami @goren @j123123
#0UIAUN / @engineer / 4198 дней назад

> Исходный код на С++ Плюсы - говно
#0UIAUN/QRH / @j123123 / 4197 дней назад
@j123123 Язык не может быть говном. Говном может быть код на этом языке и, by extension, тот, кто его говнокодил.
#0UIAUN/26N / @goren --> #0UIAUN/QRH / 4197 дней назад
@goren Язык вполне может быть плоло спроектирован и с кучей костылей, которые торчат из всех щелей.
#0UIAUN/8MP / @j123123 --> #0UIAUN/26N / 4197 дней назад
@j123123 Это не значит, что на нём нельзя сделать хороший код.
#0UIAUN/WJZ / @goren --> #0UIAUN/8MP / 4197 дней назад
@goren Горен, писал бы ты только про самок, это у тебя лучше всего получается.
#0UIAUN/H0I / @anonymous --> #0UIAUN/26N / 4197 дней назад
@goren Да.
#0UIAUN/HZ7 / @j123123 --> #0UIAUN/WJZ / 4197 дней назад
@kagami В работе большая статья про историю матриархата в христианской цивилизации, но хз, когда я её доведу до такого состояния, чтобы она пролезла в бнвач.
#0UIAUN/UIH / @goren --> #0UIAUN/H0I / 4197 дней назад
@j123123 Хотя не совсем. Некоторые отдельные языки настолько говно, что писать на них хороший код просто нереально. Но плюсы в эту категорию не относятся
#0UIAUN/T2U / @j123123 --> #0UIAUN/HZ7 / 4197 дней назад
@j123123 Какие?
#0UIAUN/TBX / @goren --> #0UIAUN/T2U / 4197 дней назад
@goren Ну очевидно, машинные коды (напрямую вбивать в HEX редакторе), brainfuck, Malbolge, то что попадает в категорию https://ru.wikipedia.org/wiki/Тьюринговская_трясина
#0UIAUN/YII / @j123123 --> #0UIAUN/TBX / 4197 дней назад
@j123123 На машинных кодах (и на асмах) многие ок могли писать. На асме вообще целую ОС написали, как POC, конечно, но всё же. А тюринговская трясина используется, в частности, для теоретического computer science. На них можно писать всякие математические функции (более того, некоторые извращенцы заставляют студентов это делать, а потом оценивают качество кода).
#0UIAUN/9M5 / @goren --> #0UIAUN/YII / 4197 дней назад
@goren > На машинных кодах (и на асмах) многие ок могли писать. Писать на них большое сложное ПО это просто пустая трата времени, нервов и человеческих ресурсов, ибо получим в итоге непереносимый код, угрохав в него кучу денег и времени. Си рулит. Асм это еще куда ни шло, но вот всерьёз(не для учебных целей) писать программное обеспечение опкодами в шеснадцатиричном редакторе в 2013 году явно это попахивает психушкой >А тюринговская трясина используется, в частности, для теоретического computer science. Я говорю про практические вещи, про написание программного обеспечения. А вот насчет CS это да, там оно очень даже неплохо
#0UIAUN/SYO / @j123123 --> #0UIAUN/9M5 / 4197 дней назад
@kagami А что тебе не нравится? Тут я согласен с гореном. Пора переставать спорить за языки и ОС и делать интересные вещи. Инструменты это средства а не самоцель.
#0UIAUN/ASO / @engineer --> #0UIAUN/H0I / 4197 дней назад
@engineer А разве выбор удобного инструмента не влияет на сложность делания интересных вещей? Думаешь, в машинных кодах писать моделирование червячка это легко и прость?
#0UIAUN/191 / @j123123 --> #0UIAUN/ASO / 4197 дней назад
@j123123 Ну тогда надо модифицировать твою формулу. На всех языках можно писать хороший и полезный код, но на некоторых это требует экономически нерациональных затрат времени и усилий. Писать модель червячка на плюсах — не такая уж плохая идея, не хуже, чем использовать для этого жабу или пистон, как обычно делают.
#0UIAUN/IEW / @goren --> #0UIAUN/SYO / 4197 дней назад
@goren А по скорости лучше в 3 - 50 раз.
#0UIAUN/LWU / @engineer --> #0UIAUN/IEW / 4197 дней назад
@engineer Если хорошо оптимизировано и не течёт.
#0UIAUN/BMC / @goren --> #0UIAUN/LWU / 4197 дней назад
@engineer На Си с ассемблерными вставками мижно еще быстрее
#0UIAUN/AKJ / @j123123 --> #0UIAUN/LWU / 4197 дней назад
@j123123 Чаще всего моделированием занимаются математики или учёные, которые отнюдь не повёрнуты на программизьме. Оптимизировать сишку на асме они не станут, не говоря уж про всякие там лиспохаскели и что ещё сейчас модно среди Ъ-программеров. Я сколько встречался с моделями разных биологических систем, жаба и питон — самые распространённые языки, плюсы тоже встречаются, но гораздо реже. Некоторые вообще используют матлаб, но это полный трэш.
#0UIAUN/OYU / @goren --> #0UIAUN/AKJ / 4197 дней назад
@goren Всё правильно сказано. Для специалиста в своей области умение программировать на чём угодно уже огромное преимущество, а вот более глубокое изучение технологий/языков даёт всё меньше прироста полезности.
#0UIAUN/SYG / @engineer --> #0UIAUN/OYU / 4197 дней назад
@engineer Несогласен. Писать неэффективные программы на высокоуровневых языках вроде питона и плюсов(да, вы не ослышались) для решения сложных задач, которые по полной задействуют аппаратные ресурсы(многопоточность, большое потребление ОЗУ) -- нерациональне использование аппаратных ресурсов -- завышенные требования к ним -- дополнительне затраты на оборудование и его обслуживание. Bloatware. Нет в этом ничего хорошего
#0UIAUN/4UN / @j123123 --> #0UIAUN/SYG / 4197 дней назад
@j123123 Всем не до этого, и правильно. В какой-то момент нужно переставать искать лучшее и делать дело, используя имеющееся хорошее.
#0UIAUN/S99 / @engineer --> #0UIAUN/4UN / 4197 дней назад
@engineer Да, но останавливатся на питоне и плюсах - фейл.
#0UIAUN/QTA / @j123123 --> #0UIAUN/S99 / 4197 дней назад
@engineer Вот ты и дошёл до калифорнийского подхода.
#0UIAUN/KLP / @goren --> #0UIAUN/S99 / 4197 дней назад
@goren Ну да, но вопрос в точке останова, хех. Я на самом деле тоже эстет когда у меня куча времени и я никуда не тороплюсь.
#0UIAUN/B1D / @engineer --> #0UIAUN/KLP / 4197 дней назад
@goren Всё равно мечта о правильном решении должна быть.
#0UIAUN/T8I / @engineer --> #0UIAUN/KLP / 4197 дней назад
@engineer Эстетика отдельно, дело отдельно. Я вполне понимаю людей, которые годами вылизывают код для какого-нибудь факториала или для нахождения статриллионного знака числа пи. Но когда надо сделать модель, надо её делать, даже если это будет неоптимально.
#0UIAUN/TIZ / @goren --> #0UIAUN/B1D / 4197 дней назад
>At the time, Venter operated his own independent lab, The Institute for Genomic Research (TIGR), which had developed a "random shotgun" approach to DNA decoding, making it the most prolific genome lab in the world. Читаю тут про Вентера, крутой он. свою лабораторию с автоматическими машинами для секвенирования геномов открыл, а потом и институт своего имени.
#0UIAUN/QLV / @engineer / 4197 дней назад
@engineer Вот кстати, насчет МД моделирования. Софт, который я использовал - GROMACS - написан преимущественно на Си, немного фортрана и плюсов https://www.ohloh.net/p/gromacs У препода(научного руководителя) я интересовался, на чем лучше писать ПО для МД моделирования. Ответ был: Си или Фортран. Вот такие дела. Для таких задач, всякие там питоны, явы и сишарпы вообще сразу идут нахуй
#0UIAUN/0X0 / @j123123 --> #0UIAUN/SYG / 4197 дней назад
@j123123 А я вот недавно, когда был в норвегии у товарища, смотрел там модели нейронных сетей, модель синапса и модель электромагнитного потенциала нейрона. Это всё сделано на жабе, и ничо. Более того, я не уверен, что кому-либо хватит терпения то же самое реализовать на си или фортране, да и нет в этом необходимости — эта не самая CPU-intensive задача, а компьютеры сейчас достаточно быстрые, чтобы скорость не была проблемой. А написать худо-бедно работающий код человеку, который не является профессиональным кодером, на жабе всё-таки, как ни крути, проще.
#0UIAUN/2DN / @goren --> #0UIAUN/0X0 / 4196 дней назад
ipv6 ready BnW для ведрофона BnW на Реформале Викивач Котятки

Цоперайт © 2010-2016 @stiletto.