Чума вспыхнула на Большом суконном дворе, что за Москвой–рекой у Каменного моста, на Софийской набережной. Администрация, не поняв, что это чума (а может быть, надеясь на русское «авось»), попыталась скрыть мор: умерших на фабрике хоронили тайно, по ночам, не ввели карантина. Очень скоро чума выплеснулась в город. Началась паника, которая при любой эпидемии усугубляет положение. Мастеровые с суконного двора разбегались по домам, разнося заразу. Москвичи укрывались в подмосковных имениях, многие бежали в другие города. Была парализована вся жизнь в городе. Зажгли костры, ударили в набат (верили, что колокольный звон отведет от города страшную беду). Над Москвой стоял черный дым.
Ежедневно умирало более тысячи человек. Некому было убирать трупы, мертвецами были завалены дома и улицы. Тогда московские власти вынуждены были прибегнуть к помощи колодников, осужденных на каторгу. Они «занимались только выволакиванием крючками из домов зачумелых и погибших от заразы, вываживанием их за город и зарыванием в большие ямы». Колодники в дегтярных робах с дырами для глаз и рта разъезжали по улицам, врывались в дома, железными крюками волокли мертвых в ужасные телеги–фуры, свозили их на кладбище и зарывали в общих могилах без отпевания и церковных обрядов.
Генерал–губернатор П.С. Салтыков, отчаявшись справиться с эпидемией, уехал в свое родовое имение Марфино. За ним уехали обер–полицмейстер И.И. Юшков и другие градоначальники. Город остался без власти. Мор и мародерство довели до отчаяния жителей Москвы.
Нужна была искра, чтобы произошел взрыв. По городу поползли слухи, что у Варварских ворот появилась чудотворная икона Боголюбской богоматери, которая дает исцеление от страшной болезни. Большие толпы людей у Варварских ворот способствовали распространению инфекции. Московский архиепископ Амвросий дал распоряжение убрать икону и закрыть ее в одной из церквей. Этот слух (конечно, в искаженном виде) быстро разлетелся по городу. Кто–то ударил в набат. Огромная толпа собралась между Ильинскими и Варварскими воротами. Люди были вооружены кольями, топорами, камнями. Кто–то крикнул, что Амвросий украл чудотворную икону. Этого было достаточно. Разъяренная толпа направилась в Кремль, в Чудов монастырь, где находилась духовная консистория. Требовали Амвросия, который успел скрыться в Донском монастыре. Не найдя его, толпа бросилась громить богатые дома, карантины, чумные больницы.
Вот как описывает этот страшный день Д.С. Самойлович, лечивший больных в чумных бараках Даниловского монастыря: «Я первый попал в руки бунтовщиков, стоявших у Даниловского монастыря. Они схватили меня, избили... Я чудом спасся от неблагодарных, искавших моей погибели». Бунтовщики направились в Донской монастырь, где на хорах обнаружили Амвросия и зверски его растерзали. Другая трагедия разыгралась на Красной площади. Немногочисленный отряд (130 чел.) солдат и офицеров под командованием Е.Д. Еронкина был забросан камнями и кольями. После этого был отдан приказ стрелять картечью. Сотни трупов усеяли Красную площадь. Толпа, унося раненых, отступила.