В freeorion есть настоящий параллельный пошаговый режим, но нет серверов длительной игры. Для freeciv такие сервера есть, но с длиной хода в день игра превращается в RTS. Как же так?
Если у вас повисла fuse-файловая система и мешает уйти в спячку, то, похоже, единственный метод найти, какая из фс в этом виновата, - убивать их перебором.