/etc/init.d/qemu-binfmt по непонятной причине регает какие угодно архитектуры, но только не x86_64. Чтобы добавить поддержку x86_64, нужно просто продолжить по аналогии ряд

echo ':alpha:M::\x7fELF\x02\x01\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x26\x90:\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xfe\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xff\xff\xff:/usr/bin/qemu-static-alpha-binfmt:' > /proc/sys/fs/binfmt_misc/register
echo ':arm:M::\x7fELF\x01\x01\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x28\x00:\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\x00\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xff\xff\xff:/qemu-static-arm-binfmt:' > /proc/sys/fs/binfmt_misc/register
echo ':sparc:M::\x7fELF\x01\x02\x01\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x02:\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xff\xfe\xff\xff:/usr/bin/qemu-static-sparc-binfmt:' > /proc/sys/fs/binfmt_misc/register