Есть какая-нибудь готовая опернсорсная кроссплатформенная тулза, которая может, "вычесть" из каталога содержимое архива? Ну или более или менее универсальная бинарная патчилка/диффилка, желательно тоже умеющая более или менее прозрачно работать с архивами.
Цоперайт © 2010-2016 @stiletto.
Какие-нибудь программы для работы с .sfv-коллекциями посмотри, там и функций выше крыши, и работа с архивами должна быть, но файлы заменяются целиком, по хэшу и дате.