При юзании M-x semantic-clang-activate эта сука срет файлами вида __SEMANTIC_CLANG_TEMPFILE.c прямо в рабочей директории.
Естессно некоторые Makefiles написаны так чтобы автоматом подхватывать все сишники, так что этот файл радостно подхватывается и ломает сборку.

Такие дела.